De meeste moedervlekken worden veroorzaakt door een overgroei van bloedvaten in de huid. De precieze oorzaak hiervan is niet bekend, maar het kan verband houden met problemen met de ontwikkeling van bloedvaten in de baarmoeder. Sommige moedervlekken kunnen ook worden veroorzaakt door problemen met de genen die de huidpigmentatie regelen.